巧克力囊肿不治疗可能会破坏卵巢功能，导致卵巢功能衰竭。另外，会影响到月经，会导致盆腔粘连，甚至会引起肠梗阻、腹痛、腰酸等情况。

所以，巧克力囊肿还是要积极的处理的，因为巧克力囊肿的形成主要是由于异位的子宫内膜长到卵巢上，异位的子宫内膜也会像正常的子宫内膜一样，每个月会出现剥脱出血，出血以后会与周围的组织形成包裹粘连，所以这个巧克力囊肿，它会不断的增大，不仅会增大，他还同时会破坏卵巢的功能。

卵巢功能破坏了，女性就会出现不孕、月经失调，甚至出现围绝经期的症状，所以巧克力囊肿还是要积极手术的。