体内真菌感染可能会出现相应脏器的临床表现。

皮肤真菌感染会出现皮肤损害，皮损性状各异，可以表现为花斑样脱屑，角化增厚，糜烂伴有臭味，水疱脓疱等，有的会呈现头皮癣，足癣还会出现皮肤瘙痒比较明显。深部组织脏器感染，可能会表现为皮下结节、深层溃疡、肺部空洞，严重的患者还会出现关节病变。如果是真菌性外耳道炎，还会表现出耳部不适，耳痛，耳鸣，听力下降，真菌性脑病时会出现发热，颈项强直，嗜睡，烦躁不安等。