一般来说，孕妇怀孕三个月是不能通过孕检查出宝宝是否有畸形，只能够大致的查一下胎儿的发育是否正常。

具体的胎儿畸形要等到怀孕六个月后去医院做三维彩超来排查胎儿身体存在的畸形，或者通过羊水穿刺检查，进一步确认胎儿的状况。在怀孕五个月左右，可以空腹到医院做一个唐氏筛查，来降低胎儿出生时畸形的几率。在怀孕六个月左右，可以通过四维检查来观察胎儿身体脏器发育是否有畸形。