克拉霉素的副作用不算很大，他可以有一些不良反应，主要是恶心、胃灼热、腹痛、腹泻、头痛、暂时性转氨酶升高，停药后可以恢复。个别有出现胆汁性肝炎的报告，可能出现真菌或者具有抗药性细菌导致的严重感染，这时应停药并做相应治疗。

可以发生过敏反应，轻者为药疹、荨麻疹，重症为过敏症，常有短暂性中枢神经系统副作用的报告，发病率较低。主要对大环内酯类药过敏的孕妇，哺乳期、严重肝肾功能低下、心律失常、心动过缓、QT间期延长、缺铁性心脏病、充血性心衰、水电解质紊乱的患者禁用或者慎用。克拉霉素主要用于敏感细菌所导致的上下呼吸道，包括扁桃体炎、咽喉炎、支气管炎、肺炎等，皮肤软组织感染单独毛囊炎，伤口感染的。疗效和其他大环内酯类效果相反，也可以用于幽门螺旋杆菌的主流治疗。