手足口病后指甲脱落的原因，目前来说不是很清楚，有可能是以下因素造成的：

第一、由于病毒侵犯了孩子的手指甲的甲床造成手指甲暂时性的生长障碍，从而导致指甲脱落。

第二、由于手足口病发生口腔疼痛，孩子不能进食，从而导致孩子的营养元素缺乏，营养元素缺乏以后会导致孩子的指甲从甲床脱落，这也是造成指甲脱落的因素之一。所以孩子患手足口病的时候，有一部分比较严重的手足口病患儿，会在得病后出现指甲脱落的情况，这种指甲脱落的情况一般是可以修复的，在手足口病缓解之后，可以重新长出新指甲。