怀孕三个月自然流产是否能流干净，这需要做B超检查才可以确定。多数情况下怀孕三个月的时候，胎儿已经完全发育成型，会留比较干净，但是也有少数的女性。在流产之后，有可能子宫收缩不好，宫腔内会残留有瘀血或者残留有胎膜组织，还需要通过用药物或者是做轻工的处理，才可以清理干净。要在流产之后做B超检查，如果宫腔内残留物质量比较多，可以喝益母草颗粒，能够起到活血化瘀，促进宫腔内残留瘀血排出的作用。如果残留物质量比较多，还需要做清宫把宫腔清理干净，才能够避免激发感染的发生。