甲状腺功能亢进症合并了囊肿在治疗上主要还是针对甲亢进行治疗，甲状腺囊肿肯定是凉性的，如果不大的话不需要处理只需要控制甲亢就可以。

如果囊肿过大出现了压迫症状的话可以选择外科手术治疗。对于甲状腺功能亢进症，在治疗上主要还是应用抗甲状腺药物治疗，在中国首选的还是口服的抗甲状腺药物临床上应用比较多的包括甲巯咪唑以及丙硫氧嘧啶。在治疗甲亢的早期，还需要关注肝功能和血常规的水平，因为有些抗甲状腺药物在糖尿病患者中再甲状腺功能亢进症的患者中可能会导致肝损害和白细胞水平的降低，这时候就需要暂时停用或者是同时进行保肝和升白细胞的治疗。如果是应用之后仍然肝功能和血常规难以控制的话可以选择放射性碘治疗或者是手术治疗。