怀孕胚胎停止发育的原因其实十分复杂，无论是夫妻双方的问题，还是胚胎本身的问题，或者是环境的客观因素，都会导致胚胎停止发育。

首先胚胎的染色体异常占了胚胎停止发育的大部分，而且胚胎停止发育发生的越早，胚胎染色体异常的概率就越高。其次，还有免疫因素，如母体排斥、抗磷脂综合征，还有就是母体本身的内分泌因素，比如说黄体功能不全、多囊卵巢综合征、高泌乳素血症、甲状腺疾病和糖尿病等等。母体解剖因素，如生殖器的发育异常，子宫是畸形的，或者是长了子宫肌瘤、子宫腺肌瘤，都会影响胚胎的着床和发育，也就进一步的导致了胚胎停止发育。而且在怀孕期感染了一些病毒微生物，也会导致胚胎停止发育。产妇在怀孕的过程中过于紧张焦虑，接触了一些有毒有害的化学物质，或者是放射性物质，也会导致胚胎停止发育。