单侧卵巢巧克力囊肿是可以顺利怀孕的，人都有两侧卵巢，而巧克力囊肿大多也是单侧，所以如果一侧卵巢有巧克力囊肿，应该仔细做彩超检查，了解另一侧卵巢是否有小的子宫内膜异位病灶。

如果另一侧卵巢是完全正常的，监测排卵也能顺利排出卵子，那么就可以在正常那一侧卵巢排卵的时候指导同房受孕，怀孕后至少有一年的时间不来月经，对于卵巢巧克力囊肿也有治疗作用，可以使巧克力囊肿变小，小的巧克力囊肿有可能会萎缩消失。