婴儿染色体异常的原因有很多，物理因素，化学因素，生物因素，孕妇年龄还有遗传因素。

物理因素放射线能诱发染色体畸变，畸变率随射线剂量的增高而增高，孕母接触放射线以后，其子代发生染色体畸变的危险率增高；

化学因素，许多化学药物和农药毐物可致染色体畸变增加；

生物因素，一些病毒如风疹病毒，巨细胞病毒，麻疹病毒，腮腺炎病毒的感染，也可以引起胎儿染色体断裂；

孕妇年龄，孕妇年龄大是引起二十一三体综合征和其他三体型的主要原因之一，可能是与生殖细胞的老化有关系；

遗传因素，染色体异常的父母可能会传给下一代。