肛瘘手术后伤口愈合慢的原因是多方面的。

首先，如果是肛瘘位置比较高，或者是复杂的肛瘘，这样的话，手术创面会比较大，而且有的还会挂线来进行治疗，因此，这种情况愈合的时间会比较慢。另外一方面。因为肛瘘的手术创面是在肛门的部位，每天会有大变以及细菌等污染物进行刺激，导致创面没有其他部位愈合的时间快一些。还有一方面的原因，是因为每个人的体质不同，组织修复能力，以及创面愈合的能力也是不一样的，所以说有的人可能相对快一些，而有的人会愈合的慢一些。综上所述，就是肛瘘手术后伤口愈合慢的原因。