生理期行房的危害主要有三方面：第一是容易导致妇科炎症，因为在生理期机体抵抗力下降，宫颈口松弛，整个生殖道的血液是细菌最好的培养皿，这时行房很容易引起上行感染导致盆腔炎或附件炎，影响身体健康甚至造成生育困难或不孕；第二是生理期行房会容易导致经血逆流，经血通过输卵管进入盆腔，形成子宫内膜异位症，造成痛经、卵巢巧克力囊肿或输卵管与子宫粘连，也容易造成生育困难或不孕；第三是有可能造成免疫性的不孕不育，生理期行房，男性精子容易在女性子宫内膜破损处进入女性血液中然后让女性产生抗精子抗体导致不孕不育。当然由于生理期的子宫内膜处于脱落状态，这时行房一般不会怀孕，但是由于危害较多，所以医生建议不要再生理期行房。