治疗流清鼻涕的药物主要有可以选择含有盐酸伪麻黄碱，马来酸氯苯那敏成分的复方制剂的感冒药，比如氨酚黄那敏胶囊，还可以选择使用含有盐酸伪麻黄碱成分的滴鼻液，点滴鼻腔粘膜也能缓解症状。另外还有一些中成药，比如莲花清瘟胶囊，双黄连口服液，蒲地蓝消炎口服液，蓝芩口服液，清开灵颗粒，还可以选择复方鱼腥草糖浆。

另外，针对于病因可以选择抗病原体药物也能够促进炎症的消退，缓解症状。针对细菌感染，可以选择抗生素，比如青霉素类，头孢菌素类，大环内酯类的药物，针对于病毒感染，可以选择利巴韦林，奥斯他韦等。