右侧附睾头囊肿5×6毫米是不严重的。

附睾头囊肿属于男科的常见病和多发病，对于小于四厘米的囊肿是不需要治疗和处理的，因为这种囊肿对人体造不成任何的影响，这需要每3到6个月进行一次彩超检查就可以。动态观察囊肿的变化，如果囊肿随着时间的增长逐渐变大，大到4公分或,6公分以上就需要通过手术的方式来治疗。如果没有大于四公分，但是出现了压迫的症状或患者出现了坠胀不舒服的感觉，也需要通过手术的方式来治疗，一般是建议通过附睾头囊肿切除的方式来处理，手术以后还要定期复查，因为附睾头囊肿是有可能会复发的，复发了之后要再一次定期复查，必要时再次手术治疗。