自然流产后，男方需要做精液检查，女方需要做常规的妇科检查，子宫形态检查，内分泌检查甲状腺功能检查，黄体功能检查，糖尿病检查，多囊卵巢综合症检查。

自身免疫检查，例如抗磷脂抗体、抗β2抗糖蛋白抗体、狼疮抗凝血因子检查。胚胎或胎儿染色体异常，是早期自然流产最常见的原因，约占50%到60%。孕妇患全身性疾病，如严重感染、高热、严重贫血、心衰、慢性肝肾疾病、高血压，均可以导致自然流产。母体子宫畸形、子宫腺肌病、宫腔粘连，均可影响胚胎着床发育，而导致流产。