双肾小囊肿是不能自愈的。

肾囊肿属于泌尿外科的常见病和多发病，囊肿的形成与个人因素，遗传因素和体质有关，是多种因素共同制约造成的，囊肿一旦形成，一般会逐渐变大，而不是逐渐缩小和消失，对于小于四厘米的囊肿是不需要治疗和处理的，只需要定期复查，但是囊肿如果大于四公分以上，压迫正常肾实质引起集合系统积水或造成腰酸腰痛的症状，就需要通过手术的方式来治疗，最常选用的手术方式为腹腔镜下肾囊肿去顶减压术，如果患者为老年患者无法耐受全麻手术或虽然患者年轻，但是不想通过手术的方式来处理，那么还可以通过超声引导下肾囊肿穿刺抽吸并硬化剂注射的方式来治疗。