胎儿停育的原因有很多。主要于胚胎因素、母体因素、父亲因素、环境因素等相关。

但是有大约50%的患者发生胚胎停育的病因是不明确的。胚胎因素是指引起胚胎停止发育的主要原因。最常见的是染色体畸形。比如说十三三体，二十一三体等染色体的畸型。母体的因素主要与感染有关。感染常见的病原体是抗体感染。这些病原体感染胚胎，从而导致胚胎停育，还有一些免疫因素。主要包括母体的自身免疫状态、血型等情况，还有一些全身性疾病。比如说糖尿病、高血压等，均可以导致胚胎发育异常。还与子宫发育畸形、宫腔粘连等也会引起胚胎的停止发育。还与不良的生活习惯有关。比如抽烟喝酒等。还与环境因素，比如说环境的大气污染、重金属、化学药品的污染。均有可能导致胎停育的发生。