骨髓移植后排斥反应发生在100天以内的称为急性排斥，主要累及三个器官，皮肤、肠道和肝脏。它可以表现为皮疹、大量的腹泻、腹痛，或者是出现肝酶的升高或者是胆红素水平的升高。这是三个最主要的靶器官，除了这个靶器官之外，当然，很多患者还会出现发热的表现。同时伴有一些肝肾功能的损害，等等都可以出现。发生在100天以后的，一般认为是一个慢性的排异反应，除了之前皮肤、肝脏和肠道这些器官的累积之外，很多患者还会出现眼睛、口腔黏膜或者是肌肉关节的一些损伤，它主要表现为口干、眼干，甚至出现一些口腔溃疡、舌头白苔。干眼症，需要使用一些眼药水来进行润滑。还有一些患者会出现类似于硬皮病样的表现。