首先需要寻找乳糖不耐受的病因，针对病因进行处理。

有原发性的乳糖不耐受，主要是给孩子喝免牛乳糖的奶粉。可以和母乳交替喂养，母亲减少乳糖食物的摄取，也可以口服乳糖酶或者是益生菌。如果是继发性的乳糖不耐受，主要是胃肠道疾病引起的，需要治疗胃肠道疾病。如果是细菌感染引起的选择，抗生素抗感染治疗。如果是病毒感染引起的，给予清热解毒，抗病毒的药。配合调理肠胃的药，也可以加用益生菌。