孩子早上起床肚子疼，有以下几个原因：

第一，比较常见的是肠痉挛痛，引起痉挛痛的原因有睡觉时腹部着凉，肚子有蛔虫或者大便未解。这种疼痛一般是阵发性的，可以进行通便处理后，或者腹部热敷处理，疼痛会逐渐好转。

第二，当出现腹痛伴随的呕吐、发烧等症状时，那不排除有病理性原因导致，比如阑尾炎、胃肠炎、急性淋巴结炎，这需要到医院做进一步的检查以及治疗。