肛瘘区分高位还是低位，主要是根据其内口的位置以及相关的辅助检查。

如果肛瘘的内口位于肛管直肠环以上就可以称之为高位，如果位于以下就可以称之为低位，现在的话现在最好的判断方法还是建议做磁共振检查，只有这样才能够判断这个肛瘘的瘘管和肛门周围括约肌的关系，这样才能够接近100%的判断是高位还是低位，尽量在术前决定手术治疗的方式。

除此之外的话还可以通过适当的查体来判断一下或者使用探针检查或者造影检查等等，明确肛瘘的位置的高低以及是单纯性的还是所谓的复杂性的肛瘘。