如果是自身免疫性疾病引起胚胎反复停育，这种情况需要考虑应用免疫抑制剂加抗凝治疗。

免疫抑制疗法，着为是对于抗磷脂抗体持续阳性，或者是持续中高水平的一般采用小剂量的泼尼松，从确定妊娠开始用药。如果是由血栓前状态引起的复发性流产，抗凝治疗被公认为是有效的治疗方法。常用的药物是小剂量的阿司匹林和低分子肝素。阿司匹林主要应用于血小板激活状态。从确定妊娠开始用药治产前三天。低分子肝素主要应用于D二聚体水平大于或者是等于1.00微克每毫升的高凝状态的。从确定妊娠开始用药治妊娠前三天。妊娠期间需要密切检测D二聚体水平的变化。