区别在于致病菌不一样，治疗方法不一样。

细菌性的胃肠炎多见于有志贺菌属。志贺菌素包括痢疾志贺菌、福氏志贺菌、鲍氏志贺菌、宋氏志贺菌，沙门氏菌属引起的伤寒，霍乱弧菌引起的霍乱，细菌性胃肠炎要根据细菌培养及药敏选择敏感的抗生素来进行治疗，病毒性胃肠炎又称病毒性腹泻，是肠道病毒引起的急性传染病，可由多种病毒引起，常见的有轮状病毒、诺如病毒。其次为肠腺病毒和星状病毒。病毒性胃肠炎，无特异性的治疗措施主要是针对患者出现的症状进行治疗，如采取措施改善腹泻脱水等，对重症患者应及时纠正酸中毒及电解质紊乱。