苍耳子一定毒性，如果一次超过30克，或者是炮制不当均可引起中毒。

中毒的反应主要与肾损害为主，引起氮质血症、使肝脏充血、脂肪变性、肝功能急剧损坏，继发脑水肿引发强直性痉挛，最后导致死亡。早期症状有头晕、头痛、全身不适、恶心、呕吐咖啡色物、轻度腹胀、伴有腹泻或便秘，重者出现烦躁，躁动或倦怠萎靡、嗜睡、口渴、尿少、昏迷、全身强直性痉挛、黄疸、肝脾肿大、肝功能障碍，尿中出现蛋白、红细胞，管型以及呼吸循环功能衰竭而死亡。所以临床应用时需要注意，一般入煎剂3到9克为宜。血虚头痛不宜服用，过量服用易导致中毒。