怀孕初期，胎停常见的原因，是先天性胚胎发育不良、染色体异常。

比如精子或者卵子的染色体有问题，或者在受精卵形成之后，受到了药物、放射线、情绪波动等等因素的影响，出现的胚胎染色体突变。有70%的胚胎停育，是由于染色体问题引起的。而孕早期，这种概率能够达到90%左右。在孕中晚期胚胎停育，大多是由于免疫性因素，或者是先天性子宫结构异常而引起的，比如宫腔粘连、子宫肌瘤、子宫内膜息肉等等。