腋下囊肿是否会自己消失，要依据囊肿的体积大小，局部是否合并感染以及自身的免疫情况来决定的。

如果腋下囊肿的体积较小，囊肿没有局部的感染，自身的吸收能力较强，这种情况下体积小的囊肿会自行消失。如果腋下囊肿体积较大，局部伴有明显的感染，出现红肿疼痛，活动受限。同时，自身的吸收能力比较差，此时腋下囊肿不会完全消失，有可能会随着局部感染的加重，体积逐渐增大，造成严重的并发症，需要及时进行手术治疗，才能够控制局部的感染症状。