扁平疣目前尚无确切有效的抗人乳头瘤病毒口服治疗的药物，多以采用外用治疗和物理治疗为主。可以尝试使用免疫调节剂，比如干扰素、左旋米唑等，还可以口服中药以清热解毒、散风平肝、散结为治疗原则。

此外，外用药物可以选用0.05%到0.1%的维a酸软膏，每天1到2次外用，还可以使用0.5%的米奎莫特软膏，每周三次外用，上述两种药物都有一定的疗效，其中物理治疗可以选择冷冻、电子刮除、激光等主要适用于皮损数目较少的患者。