睡觉头疼、颈椎疼，主要是脑部或者颈椎的一些疾患。比如一些脑部的外伤或脑出血，尤其是蛛网膜下腔出血的患者，以及脑炎，这些都有可能有头疼以及颈项强直、颈椎部位出现疼痛。

除此之外，主要是颈椎的各种疾患，如颈椎病、颈椎外伤、颈椎结核及肿瘤、颈枕部肌炎等情况，可以导致颈椎部位疼痛，并且由于颈椎部位可发触枕神经，支配头部的后枕部、头顶、耳后等区域，进而也可引起这些区域出现头痛的症状。可完善颅脑和颈椎的CT或磁共振等影像学检查，来明确脑部及颈椎的疾患。