如果乙肝dna超过十的三次方合并肝功能的不正常，比如转氨酶的升高，伴有或不伴有胆红素的升高或有早期纤维化，肝硬化的情况，或有肝硬化肝癌的家族史，这些情况就要进行抗病毒治疗。

在开始抗病毒治疗前，应排除药物、酒精或其他因素所致的转氨酶的升高，也应排除应用降酶药物后，转氨酶暂时性的正常。目前抗病毒治疗药物可分为三种，L-核甘类抗病毒药物，包括拉米夫定和替比呋啶，开环磷酸核甘类药物，包括阿德福韦脂和替诺福韦脂，脱氧鸟苷核苷类似物包括恩替卡韦，这些药物主要是抑制前基因组RNA逆转录为乙肝dna起作用，他们对乙肝病毒DNA的复制模板，CC C DNA没有直接的抑制，因此在治疗后中断及易出现病毒反弹。