低位肛瘘手术后痛苦并不太大，尤其是和高位复杂性肛瘘相比痛苦就更小了。低位肛瘘手术多采用腰麻方式，麻醉药效是六个小时左右。采用肛瘘直接切除手术，如果术后感觉到疼痛，可以使用一些口服或者外用的止痛药物。除此以外，还需要做到不吃辛辣刺激的食物。不喝酒，不熬夜，不久坐久站，不过度劳累,同时多吃水果蔬菜软化大便,大便后要及时清洗，保持肛门部的清洁，每天都要换药，迟到切口完全愈合。最后要每周找主刀医生复查一下伤口，以免出现伤口假性愈合的情况。