宝宝蛋白质消化不良的改善方法包括以下方面：一是更换奶粉，二是选用药物口服。

首先，很多宝宝是由于对牛奶蛋白过敏，所以消化不良，会有腹胀，腹泻，湿疹，体重增长缓慢等表现，这就需要吃深度水解奶粉或者是氨基酸配方奶粉来改善症状，这些奶粉是不容易过敏的，这里面的蛋白质容易消化吸收。

其次，选用药物治疗，包括选用西药和中药，西药方面，比如益生菌，消化酶，益生菌，包括双歧杆菌制剂，能够促进肠道对蛋白质的消化吸收。消化酶，比如胃蛋白酶能够促进胃液消化蛋白质。中药类的药物，比如婴儿健脾散，鸡内金散等等，也是可以调理脾胃，促进孩子对蛋白质的消化吸收的。