自身免疫性脑炎由于对大脑的功能造成非常严重的损害，个别的患者会发生癫痫或者意识障碍，所以一定要做好日常的护理。对于意识障碍的患者，一定要注意密切观察意识情况，烦躁的时候要给予适当的约束带、床档以及适当的镇静剂，防止患者发生坠床等危险。

另外要流质饮食，尤其鼻饲营养，要避免患者因呛咳而导致的吸入性肺炎。

再有就是容易出现中枢性通气不足的患者，护理一定要加强对气道的管理，密切的观察患者的呼吸、双肺的呼吸音、血氧饱和度和血气的变化，及时给予吸痰，床头抬高。两小时，更换体位，翻身扣背。必要的时候也可以通过机械排痰的方法来帮助患者排痰，减少吸入感染的可能性。

对于自主神经紊乱的患者，这波患者可以表现为心动过速或者心动过缓，一定要密切地给予心电监测，必要的时候给予适当的对症治疗。