12岁的男孩腿疼有可能是以下几种可能性导致的：

第一，孩子白天的活动量过大造成的关节肌肉劳损。针对这种情况，适当的休息，局部的按摩或者热敷是可以缓解的。

第二，缺钙。当孩子缺钙的时候会引起神经肌肉的兴奋性过高，造成下肢肌肉的痛性痉挛。针对这种情况，应该适当的补钙治疗来纠正制度情况。

第三，有可能是骨关节的疾病，比如骨髓炎、关节炎等等。可以通过完善下肢的影像学检查以及相关的抽血化验检查来了解具体的病因，并根据病因来选择合适的药物治疗。

第四，要警惕血性的恶性疾病或者肿瘤性疾病，骨髓转移的可能性，必要的时候做骨髓细胞学检查来明确。