腰疼做磁共振还是CT取决于腰痛产生的原因以及性质，软组织损伤需要进行核磁共振检查，骨损伤需要进行CT检查或者核磁共振检查。具体如下：腰肌劳损通常情况下需进行核磁共振检查，长期劳累、运动造成腰痛，主要是由于腰椎间盘变性造成，此时核磁共振可清晰显示周围软组织情况，了解是否有椎间盘变性，如果腰椎间盘突出、膨出等表现，还可以了解病变严重程度，确定治疗方案。骨骼病变通过核磁共振检测不清晰，CT可以清晰显示部腰部各骨骼情况，故怀疑腰椎间盘、韧带等病变，首选核磁共振，外伤导致骨折需要进行CT检查，怀疑肿瘤破坏骨骼通常需要进行CT或同时进行CT和核磁共振检查，可以显示病变细微结构及特征，通过检查可以了解病变性质及良恶性，有助于制定术后治疗方案。