刚怀孕40天肚子痛，应及时做超声诊断，优先排除异位妊娠。

如果确实是宫内妊娠，则可能是先兆流产，可以再次检测血液中hcg和孕酮。

如有必要可以在医生的指导下口服黄体酮。要注意休息，保护胎儿，同时禁止同房，以避免因过度刺激而导致流产。

此外，由于孕早期盆腔充血，有些人会感到小腹轻微疼痛和不适，只要超声和实验室检查没有异常就可以暂时观察，注意休息，避免剧烈活动，尽量减少对孕妇腹部的挤压和其他的刺激影响，以免病情加重。

在这个时候要按时检查，如果阴道出血增多，还有腹痛加重，还是需要及时就诊的。