对于胎儿结构畸形筛查的时间，一般是在妊娠20周到24周期间，也就是怀孕五个月到六个月期间。

对于出生缺陷的低危人群，主要通过超声，对胎儿各个器官进行系统的筛查。主要能够发现的胎儿结构畸形，包括无脑儿、严重脑膨出、严重开放性脊柱裂、严重胸腹壁缺损并内脏外翻、单腔心、致死性软骨发育不良等等。因此，建议所有的孕妇在此时期，均进行一次系统胎儿超声检查。妊娠中期，产前超声胎儿畸形的检出率约为50%到70%。造成漏诊的原因有多方面，包括母体因素、部分胎儿畸形的产前超声检出率极低、部分胎儿畸形目前还不能被超声检查发现。