咳痰有臭味是由于肺部感染合并有厌氧菌，这时有可能是由于肺部存在明确的感染灶，也有可能是患者合并有口咽部分泌物误吸，导致口咽部正常寄居的厌氧菌进入肺内而引起感染。

针对以上造成的感染都需要选择能够覆盖厌氧菌的抗感染药物，可以给予甲硝唑、替硝唑等抗感染治疗，也可以给予头孢哌酮、舒巴坦等，可以针对厌氧菌达到较好疗效的抗感染药物，同时要加强肺内痰液引流，拍背排痰，给予氨溴索、溴己新等化痰药物积极促进气道内黏痰排出，从而促进感染灶的清除。