儿童甲减主要是由先天性或自身免疫和发育缺陷所导致的。

先天性的甲状腺缺如所导致的甲状腺功能减退或垂体性疾病或先天自身免疫性疾病，如自身免疫甲状腺桥本甲状腺炎导致的甲状腺功能减退，或者在母亲怀孕期间有妊娠期甲状腺功能异常，如果tr－ab抗体阳性的甲亢或过度治疗之后出现的甲状腺功能是较为多见的。所以胎儿甲减往往介于以上原因，胎儿甲减或者儿童期甲减，一旦发现应该及早发现，早给予干预和治疗，避免引起如神经系统发育异常和身高发育异常等影响。所以儿童及甲减一般建议早治疗。