手背扁平疣的治疗方法主要有外用药物治疗，物理治疗及系统药物治疗。

其中外用药物治疗主要适用于皮损较大或不利用物理治疗的患者，药物可以选用0.05%到0.1%的维a酸软膏外用，及5%的米奎莫特软膏外用，两种药物都有一定疗效。物理治疗主要适用于批准数目较少的患者，其中包括冷冻、电阻、存储和激光等治疗系统，药物治疗目前尚无确切有效的抗hpv治疗药物。可使用免疫调节剂，比如干扰素，左旋米唑等，此外，还可以口服中药治疗以清热解毒，散风、平肝。