咳嗽期间打流感疫苗会影响注射疫苗的效果，还有可能增加发生不良反应的几率。因为注射流感疫苗本身就是灭活的病毒注射在人体当中，使人体能够产生自身的抗体，以达到预防疾病的目的。而人体在咳嗽期间免疫力会下降，自身产生抗体的几率就会下降，导致注射疫苗的效果就达不到预期，副作用还可能相应增加，所以出现这种情况，一般建议患者先等到咳嗽症状消失痊愈以后再去注射流感疫苗，这时候，人体的免疫力比较强，自身产生抗体的几率也会相应增加，注射疫苗的效果也就会相对比较好。