容易发生胚胎停止发育的原因很复杂，无论是夫妻双方的问题，还是胚胎本身的问题，或者是环境的客观因素，都会导致胚胎停止发育。

胚胎的染色体异常，占了胚胎停止发育的大部分原因，而且出现胚胎停止发育的时间越早，本身染色体异常的概率就会越高。其次，还有母体的免疫因素，如母体的排斥、抗磷脂综合征，还有就是母体内分泌因素，如黄体功能不足、多囊卵巢综合征、高泌乳素血症、甲状腺疾病和糖尿病。母体本身的解剖因素，如生殖器发育的异常，像是子宫是畸形的，子宫长了肌瘤或者腺肌瘤，都会导致胚胎的着床发育不良，进而发生停止发育的情况。而且在怀孕期感染了一些病毒微生物，接触了一些有毒有害的物质、放射性物质，精神过于焦虑和紧张，也会导致胚胎停止发育。