肛瘘手术的方法目前有传统的开刀手术和微创手术方式，两种方式各有优缺点。

传统的开刀手术方法，其特点是手术比较彻底，复发率较低，但缺点是术后创伤，较痛苦，恢复时间较长。微创的手术方法，其优点是手术简单，对肛门组织损伤小，术后痛苦轻，恢复较快。但缺点是手术后复发率相对较高。肛瘘疾病都是由于肛周脓肿治疗不及时或是治疗不当迁延而形成的，一般根据瘘口的位置深度分高位和低位肛瘘，还有根据病情的复杂程度，可分为单纯性肛瘘和复杂性肛瘘，一旦发现肛瘘形成，应尽早考虑手术治疗。