怀孕初期导致胚胎停育的原因主要有以下几方面：

第一，胚胎染色体异常，比如年龄过大导致的卵子质量下降、精子畸形、精子活力下降等等，也可能是在受精卵形成之后，受到了药物、放射线、病毒感染等影响，出现的染色体突变。

第二，女性有自身免疫性疾病，比如系统性红斑狼疮、抗磷脂综合征，这些可以导致在胚胎发育早期，由于免疫反应而导致停育。

第三，有子宫结构异常，比如宫腔粘连、子宫内膜息肉、先天性子宫发育畸形。