16岁的女性三个月不来月经有可能是生理性的原因导致。

比如是因为在青春期卵巢功能发育不成熟，排卵期不稳定激素出现了失调，所以就会导致没有来月经，如果有性生活的需要先检查是否怀孕，如果不是怀孕有可能是因为有多囊卵巢综合症的疾病也会导致月经不来。如果是多囊卵巢综合症患者需要通过进行激素六项，还有通过做B超检查确诊，确诊以后可以适当的用激素药物调理，平时注意休息，不能熬夜，熬夜会导致内分泌失调。