运动时肚子疼，主要原因是运动时导致肠道痉挛所引起的。

人体在做剧烈运动以后，由于血液分配，在骨骼肌以及其他脏器过多，因此供应肠道的血流就会相应减少，血液中的含氧量减少以后可以刺激肠道平滑肌，出现痉挛性疼痛，由于肠道血管缺血可以造成短暂性的肠道痉挛引起腹部肠管痉挛性疼痛。

因此，在运动时一定要做热身运动，运动以后一定要做深呼吸运动，疼痛比较剧烈时可以用手按压疼痛点，另外可以在深呼吸的同时，适当减少四肢的活动，使血液回流到内脏，减少疼痛时间。