巧克力的囊肿，一般是大于四公分以上持续存在，伴有盆腔的疼痛或者是继发的不孕，可以考虑手术治疗。

巧克力囊肿，大多会持续发展。对于年轻的女性，如果合并长期的不孕或者是盆腔疼痛，对症治疗效果不好，可以考虑用腹腔镜手术。巧克力囊肿手术后，也容易复发。因为巧克力囊肿受雌激素的影响，所以，在生育年龄的妇女巧克力囊肿会经常出现。绝经以后，巧克力的囊肿一般是不存在的，但是如果绝经以后还存在巧克力囊肿，大多恶变的可能性比较大。巧克力囊肿会出现反复的发作，很多患者巧克力囊肿手术后，需要药物对症治疗，预防复发。