试管移植胎停的原因有很多，第一是遗传因素，如果胚胎染色体异常，可能与夫妇染色体或夫妇一方染色体异常有关，而大部分夫妇染色体正常，但胚胎染色体发生变化，也会导致胚胎的停育，如果胚胎停育只发生一次，则认为是偶发现象，可以忽略，因为在胚胎形成过程中，胚胎的染色体发生异常为偶发事件，可无需在意，如果反复发生胎停，发生两次甚至三次以上，需要引起重视，到正规的医院进行相关的检查。第二，内分泌方面的原因，各种疾病导致的黄体功能不全，如过度肥胖，代谢糖尿病，甲状腺疾病等均有可能导致胚胎停育或自然流产。第三部分子宫发育异常，如宫腔粘连，子宫肌瘤，单角子宫等，还有免疫方面的因素，也有可能造成试管移植的胎停发生。