后脑勺半边痛首先最常见于枕神经痛，因为后脑勺区域属于枕神经的分布范围，当有炎症感染因素或者影响颈椎的疾患作用下，可造成枕神经痛，可累及一侧后脑勺区域，出现疼痛症状。

其次，会见于偏头痛、紧张性头痛等各种非特异性的头痛，其中偏头痛较为多见，可以是累及一侧后脑勺，主要是中重度的血管搏动性质的头痛。紧张型头痛的头痛部位并不固定，但也可以累及到一侧的后脑勺区域，其发病和精神情绪因素通常有一定关系。另外，一侧后脑勺区域的疖肿、枕后淋巴结发炎也可以有疼痛的表现。还有一些和高血压、部分颅内疾患如脑出血等有关，要注意完善必要的影像学检查来鉴别。