引起小儿低血糖的原因有很多种，首先，肝糖原的储存不足是最主要的原因，一般胎儿肝糖原的储存主要发生在孕后的第四到第八周，所以对于早产儿就容易出现糖原储存量不足。另外，葡萄糖消耗过多，例如新生儿患有一定的疾病，常在窒息、新生儿硬肿症、新生儿缺血缺氧性脑病、败血症、低体温、红细胞增多症休克、这些情况都会导致机体代偿增加葡萄糖的消耗过多，因此会导致低血糖的发生。另外，胰岛素水平过高也会引起，小孩儿出现反复频繁的低血糖症，对于遗传代谢类的疾病也会导致此病的发作，其他疾病，例如先天性的垂体功能低下，甲状腺功能缺乏也会引起小孩低血糖。