肾结石微创手术是不会有疼痛的。

因为治疗肾结石的微创手术都是在全身麻醉下进行的，所以患者不会有任何的疼痛，通常在麻醉成功以后，患者醒来时手术已经结束。治疗肾结石的微创手术方式有两种，第一种是经皮肾镜碎石术，就是在腰背部通过彩超的引导下，将操作通道置入肾盂内，并将结石击碎冲出体外，最后流置双节管。这种手术方式的优点是可以治疗体积较大以及数量较大较多的肾结石。第二种方法为输尿管软镜下的肾结石碎石术。这种治疗方式虽然创伤小手术风险也相对较低，但是只能治疗结石体积在两厘米左右的患者。